Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Výpočetní centrum
Nacházíte se: VŠCHT PrahaVýpočetní centrum  → Návody → Superpočítač Altix → ORCA
iduzel: 39105
idvazba: 41557
šablona: stranka
čas: 18.11.2017 16:45:34
verze: 3887
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

ORCA

Aktuální verze programu ORCA 4.0.0 je nainstalována v /opt/orca a je přístupná držitelům licence.
O tu je možno zažádat v sekci Download na oficiální stránce ORCA, https://orcaforum.cec.mpg.de/.
Po obdržení licence kontaktujte pracovníky Výpočetního centra s žádostí o umožnění spuštění programu.

Pro interaktivní spuštění ORCA včetně paralelních modulů je k dispozici skript /opt/orca/runorca.sh, který zajistí správné nastavní OpenMPI.
Volá se stejně jako orca samotná, typicky /opt/orca/runorca.sh test.inp > test.out &

Vzhledem k nezbytnosti využívání dávkového systému PBS, je k dispozici skript pro automatické zaslání vstupního souboru do fronty výpočtů /opt/orca/suborca-pbs.sh
Jeho parametrem je název vstupního souboru.

V průběhu výpočtu ORCA ukládá veškeré dočasné soubory do aktuálního adresáře. Je proto velmi vhodné ji z vícero důvodů spouštět z dočasného adresáře na disku /scratch.
Je však nutné do tohoto adresáře nakopírovat všechna požadovaná vstupní data z /home.

Skript /opt/orca/suborca-pbs.sh proto provede vše potřebné, jmenovitě následující operace:

  1. Ve vstupním souboru najde nastavení počtu procesorů a množství paměti a tyto údaje předá PBS.
  2. Vytvoří dočasný pracovní adresář na /scratch
  3. Ve vstupním souboru najde názvy všech dalších požadovaných souborů, které jsou zapotřebí k běhu výpočtu, např. definici geometrie odkazovanou přes *xyzfile.
  4. Všechny soubory nalezené v bodu 3 nakopíruje do pracovního adresáře
  5. Přejde do pracovního adresáře a spustí /opt/orca/runorca.sh, standardní výstup (textové výsledky výpočtu) jsou zapisovány na /home, vedle vstupního souboru, jen s příponou .out
  6. Po skončení výpočtu zkopíruje všechny soubory zpět ke vstupnímu souboru. Předpokládá se úspěšné skončení výpočtu a tím pádem jen velmi malé soubory. V případě pádu ORCA se objeví i dočasné soubory *.tmp.*, které mohou být velmi velké.
  7. Smaže dočasný pracovní adresář.

Užitečné návody - ORCA input library.

Special thanks to: Martin Krupička

Aktualizováno: 13.5.2017 11:37, Autor: Antonín Mareš


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Výpočetní centrum, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi