Dávkový systém PBS

Pro optimalizaci využití zdrojů počítače je použit dávkový systém PBS.
Následující stránka se snaží o stručný návod, jak uživatelsky využívat tento systém.

Používání PBS

Základní příkazy pro práci se systémem front jsou:

qsub "definiční soubor úlohy" – zařadí úlohu do fronty
qstat [-s | -a | -q] – ukáže stav úloh ve frontách
qdel "id úlohy ve frontě" – smaže úlohu z fronty

Pro příkaz qsub je potřeba vytvořit speciální textový soubor, který definuje požadované zdroje a na základě kterého je poté úloha zařazena do příslušné fronty.

Obsah souboru většinou vypadá následovně:
#PBS -S /bin/bash
#PBS -M jan.novak@vscht.cz
#PBS -m bae
#PBS -N mujjob.pbs
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1:00:00

příkazy, které v rámci dávky chcete provést
/cesta/program parametry

Řádky začínající #PBS jsou parametry pro systém PBS a mají následující význam:
-S definuje shell ze kterého bude program spustěn
-M definuje email, na který mají být zasílány zprávy o stavu běhu úlohy. Uveďte, pokud chcete dostávat upozornění, že je Vaše úloha spuštěna či ukončena.
-m definuje, kdy má být zasílán informativní email(b – begin, e - end, a - abort)
-N jméno úlohy pod kterým bude úloha zobrazována v přehledech generovaných příkazem qstat
-q název fronty do které má být úloha zařazena(viz. přehled front)
-l definuje požadavky na zdroje. Důležitá klíčová slova(parametry) jsou ppn(počet procesorů) a walltime(čas běhu).

Přehled front

K dispozici jsou následující fronty

V současném nastavení může uživatel zařadit do frontového systému "libovolný" počet úloh s tím, že najednou mu systém dovolí spustit úlohy vytěžující v součtu 48 procesorů bez ohledu na frontu, do které byla úloha zařazena.

Pokud víte, že Vaše úloha potrvá kratší, než je naznačený maximální čas, nezapomeňte příslušně nastavit parametr walltime v definičním souboru. Může to pomoci k vhodnějšímu naplánování času spuštění Vaší úlohy.

V případě, že máte nějaké specifické požadavky na spuštění úloh, tak se ozvěte, uvidíme, co se s tím dá dělat.

Interaktivní úlohy

Pokud potřebujete v rámci PBS spustit interaktivní úlohu, lze tohoto docílit pomocí parametru -I pro qsub.
V případě potřeby zachování grafického výstupu doplňte ještě parametr -v.
Celý příkaz poté vypadá takto: qsub -I -v DISPLAY "definiční soubor úlohy".

Přehled zadaných úloh

Přehled zadaných úloh zobrazí příkaz qstat.
Jeho výstup je možné modifikovat podle typu požadovaných informací pomocí přepínačů -s, -a nebo -q.

Odstranění úlohy

Pokud potřebujete odstranit zadanou, či běžící úlohu, použijte příkaz qdel s parametrem identifikace úlohy, který Vám vrátí příkaz qstat.

Další informace týkající se práce na superpočítači

Pro úspěšný běh úloh doporučujeme věnovat pozornost následujícím pokynům:

• vstupní a výstupní soubory by měli být umístěny na souborovém systému /home (resp. v domovském adresáři uživatele).
• pro potřeby dočasných souborů je k dispozici souborový systém /scratch na který je možné tyto soubory směrovat. Z výkonnostních důvodů nedoporučujeme používat pro tyto soubory domovský adresář.
• věnujte pozornost úklidu dočasných souborů po skončení běhu výpočtu.
• při plánování paměťových požadavků úlohy mějte na paměti, že úloha může využít maximálně 8GB * počet použitých cpu RAM